L’institut a initié plusieurs programmes de recherche transversaux et prioritaires pour le développement de la filière. Dans les projets, sont associés tous les acteurs concernés (agriculteurs, techniciens, chercheurs, enseignants, etc.).

Programmes en cours

• Rotation :  Peut-on construire des rotations et assolements qui limitent les impacts environnementaux tout en assurant une viabilité économique de l’exploitation? 
• Orwine : Proposer des règles de vinification biologique commune aux pays de l’Union Européenne 
• Blés concurrents des adventices : Des variétés rustiques concurrentes des adventices pour l’agriculture durable, en particulier l’agriculture biologique 
• Demain la bio en zone Centre :  programme commun grandes cultures biologique Ile de France et Centre (ONIGC)   
• Optimiser le désherbage mécanique : «optimiser et promouvoir le désherbage mécanique en grandes cultures et production légumière»
• Fertilité : "Etude des effets de différents modes innovants de gestion du sol en AB sur la fertilité et ses méthodes d'évaluation"

Programmes achevés

• Travail du Sol : Optimisation du travail du sol en agriculture biologique - Acquisition de références pour la construction d’outils d’aide à la décision stratégique (OADS) en grandes cultures et en maraîchage biologiques 
• Pain Bio : Evaluation de la qualité d’un blé panifiable en agriculture biologique et contribution à l’élaboration des qualités nutritionnelle et organoleptique des pains biologiques 
• Ferti Agribio : Fertiagribio, un programme national sur la fertilisation en AB 
• Flavescence dorée : Flavescence dorée, vigne et cicadelle vectrice en agrobiologie 
• Aliment Qualité Sécurité : Maîtrise de la production de blé en agriculture biologique et des procédés de mouture adaptés à la fabrication de farine de haute densité nutritionnelle   
• Cuivre :  Utilisation du cuivre en viticulture, arboriculture et maraîchage biologique : impact sur les sols et recherche de méthodes de réduction des doses et d’alternative à son utilisation 

 Synthèse des besoins de recherche en AB par les commissions techniques ITAB Mai 2008 Télécharger 

Priorités de recherche AB dans le monde, par IFOAM (septembre 2009)